หน้าที่ความรับผิดชอบตาม "กฏกระทรวง แบ่งส่วนราชการสำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ สำนักนายกรัฐมนตรี พ.ศ. 2562" 

          ในสำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ ให้มีกลุ่มตรวจสอบภายใน เพื่อท้าหน้าที่หลักในสำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ ให้มีกลุ่มตรวจสอบภายใน เพื่อท้าหน้าที่หลักในการตรวจสอบการดำเนินงานภายในสำนักงานและสนับสนุนการปฏิบัติงานของสำนักงาน รับผิดชอบงานขึ้นตรงต่อเลขาธิการ โดยมีหน้าที่และอำนาจดังต่อไปนี้

          (1) ดำเนินการเกี่ยวกับการตรวจสอบด้านการบริหาร การเงิน และการบัญชีของสำนักงาน

          (2) ปฏิบัติงานอื่นตามที่เลขาธิการมอบหมาย